根據《財政部稅務總局海關總署關于深化增值稅改革有關政策的公告》(財政部稅務總局海關總署公告2019年第39號)規定,納稅人購進國內旅客運輸服務,其進項稅額允許從銷項稅額中抵扣。公司員工出差到境外,取得電子客票行程單,屬于購進國際旅客運輸服務,因此不能從銷項稅額中抵扣。