根據《個人所得稅扣繳申報管理辦法(試行)》第六條規定,累計減除費用按照5000元/月乘以納稅人當年截至本月在本單位的任職受雇月份數計算。因此,雖然該員工一共只領取了1次工資,但在計算個人所得稅時,需按照其已任職受雇月份數(即3個月)來計算減除費用,也就是說,3月份計算稅款時可以扣除15000元。