根據《國家稅務總局關于發布<股權轉讓所得個人所得稅管理辦法(試行)>的公告》(國家稅務總局公告2014年第67號)第十五條規定,以現金出資方式取得的股權,按照實際支付的價款與取得股權直接相關的合理稅費之和確認股權原值。因此,自然人股東未繳足資本的部分不得計入股權原值。